一次重建

        明隆庆年间至明万历中叶（1567-1588），明政府镇压梵净山以东的“腊尔山苗族大起义”后，在该地区开始修建“南方长城”，并对被破坏的梵净山佛教进行第一次重建：除重修西岩古寺、天马古寺外，另据（道光）《印江县志》载，又新建孝慈寺（今印江县合水镇）、回龙寺（今印江县木黄镇）、天庆寺（今印江县木黄镇）、天池寺（今印江县永义乡大园子村）；此外还修复了梵净山老金顶的金顶古茶殿，以及新金顶的释迦殿、弥勒殿等，同时拓宽天池寺-薄刀岭-剪刀峡-金顶古茶殿-新金顶释迦殿、弥勒殿的西朝山大道。万历元年（1573）金顶《院道碑》详细记载印江知县雷学皋重建情况。《剪刀峡摩崖》也记载了印江信士杨洪德募修西朝山大道之事。在2011年左右，护国寺发掘出明代天池寺石雕佛像十余尊，也是万历年间第一次重建时的重要佛教文物。

       此次重建，使梵净山形成了以金顶古茶殿、释迦殿、弥勒殿为中心，沿朝山大道辐射至西岩古寺、天马古寺的西、北两路的寺庙群。

二次重建

        明万历二十七年（1599），贵州播州土司（今贵州遵义）杨应龙叛乱，祸及梵净。“既自播乱之后，传闻四方，往来朝觐人稀，非复日盛”（《敕赐碑》）。万历四十六年（1618），梵净高僧妙玄和尚奏请明神宗重建梵净。“以故天哀名山之颓，而赐以钦命僧妙玄重建金顶正殿”（《敕赐碑》）。神宗皇帝降旨重建梵净山，赐佛经两部，并令妙玄和尚为钦命僧，主持梵净重建事宜。各级官员亲往督查，北京户部郎中李芝彦撰《敕赐重建梵净山金顶序》（简称《敕赐碑》）。此次重建五寺六殿：承恩寺、天庆寺、朝天寺、天林寺、天池寺、九皇殿、三清殿、圆通殿、弥勒殿、释迦殿、通明殿。其中，老金顶古茶殿被敕封为皇庵“敕赐圣旨承恩寺”，又称“金顶正殿”，寺内供奉皇帝牌位，赐有“镇山之印”。天庆寺、朝天寺、天林寺、天池寺扼四方朝山大道，称“四大丛林”，也同时被敕封，是为梵净山“一大正殿、四大皇庵”。其他六殿分布于正殿承恩寺左右，世称“六大脚庵”。此次敕封的寺庙大都带有“天”或“恩”字样，表示“明朝天子”的“浩荡皇恩”。妙玄和尚被敕为钦命僧，尊为重开山场之祖。他住持金顶正殿承恩寺，统辖全山朝拜事宜，续传梵净灯火。《敕赐碑》立于通明殿旁，成为梵净山“镇山之碑”。

       此次重建，使梵净山形成了“一大正殿、四大皇庵、六大脚庵，环山四大古寺”的格局。各寺厘定寺产，招纳僧户，修藏经塔。梵净山因惠沾皇恩，遂名震宇内，香火盛极一时。“尽自开辟迄今，海内信奉而奔趋，不啻若云而若水，王公大人之钦谒，恒见月异而日新”，“所谓古梵净鼎而新焉”（《敕赐碑》）。此间，诗人张简臣作《登尖岩望梵净山》，以“邈尔嵩华泰岱千万重”句赞梵净山雄奇；喻政《登梵净山》，则以“古殿灯燃长白昼，危楼钟动欲黄昏”志其朝拜之盛。

三次重建

         清初，梵净山成为抗清志士逃禅隐居之地。浙江诗人谢国梗抗清失败后便隐居于此，他自号“天台逸人”。（道光）《印江县志》载他：“爱梵净山，居焉……印人多就学焉，年九十余卒”。

       清康熙年间，梵净山重新敕封并重建，并将“天”、“恩”字号寺庙改为“国”、“恩”字号，以示“天朝上国”的“仁慈恩典”。皇庵天池寺被敕名为“护国寺”，成为梵净山最大寺庙。梵净山佛教重新鼎盛，与西南佛教名山峨眉山、鸡足山成三足鼎立之势。世人争相朝觐，远至川蜀、湖广、江浙。每朝山，金顶正殿承恩寺人流如潮，山民在此卖食、占卜、出售药材，宛若市井，故承恩寺附近被称为“老街”。（康熙）陈鼎《黔游记》云：“梵净山（金顶），高数千仞，有古刹六，春日进香者，日以千计。”（雍正）《新路观音殿碑记》云：“梵净山，自我朝敕封以来，尤称黔州之佳境也”。徐言《梵净山记》云：“揆溯有明迄今数百年，朝谒者呼声震天，靡有止息……每朝山，旦暮香风飘渺，散满下界里许……三郡朝谒者岁如蚁聚，即邻省西蜀、湖南亦络绎不绝。”《金顶摩崖》载康熙年间李光春携妻陈氏同朝山十五年事，以及湘人“楚南迢递肯相谒，也是前身有此缘”纪游诗等。乾隆年间，印江知县、名剧《歧路花》作者李海观（今河南省人）“乙丑秋（1769），邑大旱，海观步祷滴水岩，雨立沛，百姓设筵迎劳……欢如也”。

       康乾之世，梵净山除扩建明代“一大正殿、四大皇庵”，另将“六大脚庵”增建至“四十八大脚庵”，主要有：白云寺、太平寺、钟灵寺、坝梅寺、回香寺、朝阳寺、香山寺、镇江寺、洞德寺、兴隆寺、印落寺、罗将寺、明月寺、大佛寺、弥陀寺、飞缘寺、九龙寺、举贤寺、法华庵、观音殿、天王殿、接引殿等。其中，太平寺、坝梅寺、回香寺、钟灵寺闻名遐迩迩。太平寺，清初思南府副总兵杨光谦、印江乡贤杨国彦募建。太平寺与皇庵天庆寺同扼北朝山道，寺宇占地900余平方米。著名高僧深持和尚、天隐道崇（临济33世）先后主持，传明末高僧破山大师之临济宗之法脉。坝梅寺，扼南路朝山大道，康熙十五年（1676）扩建，该寺也传临济宗法脉，因有坝溪、梅溪两河谷地带大量寺田，收谷颇多，世有“坝梅寺谷子”之称，。此外，西路的钟灵寺、东路的回香寺，香火也极旺盛。

四次重建

       嘉庆元年（1795），松桃苗民首领石柳邓与湘西吴八月进行“乾嘉起义”，松桃义军开辟从石梁至梵净山道路，据险周旋。石柳邓死后，义军余部在梵净山地区坚持达12年之久。道光间，梵净山第四次重建：改接引殿为天恩寺（1822），改通明殿为报恩寺（1832），要求僧众上报天恩、国恩，下报父母之恩。又扩建孝慈寺（1832），重塑金顶弥勒、观音铜佛像等。此次重建后，梵净山佛教恢复兴盛。道光十七年（1837）《松桃厅志》云：“每岁夏间，朝礼者远近几万余人，川楚之民咸在焉。”道光二十一年（1841）《思南府续志》云：“六月中，远近男妇烧香顶礼者不下万人。”在此期间，曾于鸦片战争中在广州率军抗击英军的湖广提督、果勇侯杨芳（今贵州松桃县人），也多次登山览胜。

五次重建

       咸丰五年（1855），贵州爆发“咸同大起义”。铜仁“红号军”首领赵子隆打出“真主出生，弥勒降生”口号，在梵净山三角庄建立根据地，达一万之众，与思南荆竹园“白号军”联成一气，屡次攻破附近州县。咸丰帝饬令川、黔、湘三路清军“痛加歼洗”。同治九年（1870），三角庄根据地陷落，红号军全军覆没。
       光绪元年（1875），太平天国军余部刘胜乘朝山之机，率20余人假扮清军，持洋枪人入山，自号“黑地大王”，赶杀僧尼，四处劫掠。光绪五年（1880），梵净山环山五属团练合编为“松桃协左营练军”，新任贵州巡抚岑毓英[13]  亲往率军督剿，在梵净山隆参和尚，以及印江生员廖凌霄、武举吕嘉会向导下，次年（1881）肃清刘胜。

       镇压红号军及刘胜后，梵净山遭到严重破坏，满目疮痍。“寺院及诸菩萨俱为灰烬，尔时僧众风散云流”（《重修朝阳寺碑》）。“环山居民遭此劫杀，杀绝者不下七百户，杀葬者何此四千余命”（《镇国寺碑记》）。为加强防范，巡抚岑毓英奏请于皇庵护国寺建“都司衙门”，称“护国营署”，统领“松桃协练军”分驻环山八汛，对梵净山实行长达30年的军管。粤人吴月楼为镇军，“镇守此山，号令森严，军民畏服”（田宗润《诗会集韵·序》）。清政府又移铜仁县于大江口，控制铜仁上关码头（后改为江口县）。移思南府安化县于大堡，扼守西朝山大道（后改为德江县）。“两县一都司”的设立与调整，有效防止祸乱再起，保证了梵净山正常的朝拜活动。

       自光绪六年（1881）起，在严密军管下，岑毓英令隆参和尚主持重建梵净。“于是重新募化，依旧修建。创修镇国、水源、明珠等寺，复修回香坪、明镜山各庵，新开老金顶，整新金顶，九皇洞各殿。斯时庙宇辉煌，神像皎洁，较以前尤甚，信善男妇，朝拜士民，比上年更多。”皇庵承恩寺重修一新，院墙侧门石刻对联云：“烽烟六载平凶曜，香火万家奉福星。”寺内供奉云贵总督岑毓英“长生福禄牌位”一方。光绪十一年（1885），全山又开斋放戒，众僧公举隆参为方丈。隆参是为梵净山最著名的高僧之一。他主持梵净山30余年，直到民国初年。

       至光绪二十二年（1896）前后，梵净山第五次重建结束，此时，全山梵宇相望，佛像威严。全山诸寺以皇庵护国寺最为壮观，其旁建都司衙门，增建校场、武庙、先祠、岑公祠等。护国寺号令全山，信众功德俱纳于护国寺，世有“护国寺金子”之称。护国寺旁土地平旷，群峰环绕，世人乐居，衍为村落。新建各寺以水源寺尤为闻名，该寺收容战后无家可归之女子入寺为尼，故世有“水源寺女子”之称。此次重建，已逾康乾之盛。（光绪）《铜仁府志》载梵净山朝拜盛况云：“佞佛者朝谒名山，号称进香，往往结党成群，携老扶幼……或百人，或数十人为一队，导之以旗，每人背黄袱，呜呜唱佛歌，前呼后应，举队若狂。”印江诗人田宗润《朝山客》云：“为名为利为长生，许愿香客结队行。一步一声山谷应，南无声杂本鱼声。”四川酉阳州刘华里刻对联于金顶石壁云：“到此间来来往往灭了许多奸雄；由是路口口声声念不尽的南无。”

       此间，都司吴月楼及幕客朱仲衡邀集文人学士，登临游览，举办大型诗会。《承恩寺碑》云：“新显豪士，群贤毕集，壁间重写梦游，清风明月，各志高怀，则又与岳阳楼竞衡。”印江诗人田宗润作《诗会集韵》，于梵净风物名胜，一一题咏。其《序》云：“爰于六月既望，邀集学士文人，登临消夏，既而烟茶互吸，诗酒兴连，启凤腾蛟，宝主尽东南之美，信可乐也。”印江著名书法家严寅亮（题北京“颐和园”匾者）亲题“黔山第一”巨匾悬于护国寺山门。都司衙门大殿又有“黔山领袖”、“明政宽和”巨匾，名山墨宝，相映生辉。衙门将士每日演武，勤为操练。四川著名武林高僧铁肩和尚慕名前往，切磋武术，流连忘返（后往贵阳黔灵山弘福寺，礼十世方丈智明为师，又住持贵阳东山寺，辛亥间教习贵阳革命党新军）。民国初年，贵阳著名高僧了尘和尚、贵阳名人何麟书游览梵净山。他们拜会隆参和尚，并作有诗文，流传至今。